La pandémie COVID-19 a créé les conditions de l'émergence de superchampignons au Brésil, résistants aux antifongiques, alerte cette équipe de la Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) qui décrit, toujours à l’heure actuelle, des hôpitaux surpeuplés et désorganisés, des unités de soins intensifs (USI) submergées et des professionnels de santé épuisés physiquement et mentalement. Ces difficultés et cette tension du système de santé causées par la pandémie de COVID-19 au Brésil ont créé des conditions de l'émergence de Candida auris, un micro-organisme qualifié ici de « superchampignon » en raison de la rapidité avec laquelle il a développé sa résistance aux médicaments.
2 premiers cas ont été confirmés en décembre 2020 dans un hôpital de Salvador (Bahia, nord-est du Brésil), et sont décrits par cette équipe de cliniciens dirigée par Arnaldo Colombo, chef du Laboratoire spécial de mycologie à l’Université fédérale de São Paulo (UNIFESP) et chercheur à la FAPESP. Depuis cette étude de cas, 9 autres patients atteints de C. auris ont été diagnostiqués dans le même hôpital,
certains colonisés et d'autres infectés
« Il y a lieu de s'inquiéter », écrivent les chercheurs qui surveillent de près l’évolution des isolats de C. auris provenant de patients de l'hôpital qui montrent ici une sensibilité très réduite aux antifongiques fluconazole et échinocandines, utilisés pour traiter les candidoses invasives.
C. auris, un superchampignon : à l'exception de C. auris, les champignons du genre Candida font partie du microbiote intestinal humain et ne causent de problèmes qu’en cas de dysbiose intestinale ou de déséquilibre dans l'organisme. Dans certains cas, cependant, le champignon pénètre dans la circulation sanguine et provoque une infection systémique connue sous le nom de candidémie, la forme la plus courante de candidose invasive, similaire à la septicémie bactérienne. L'invasion de la circulation sanguine et la réponse exacerbée du système immunitaire à l'agent pathogène peuvent endommager plusieurs organes et même entraîner la mort.
La mortalité chez les patients atteints de candidémie infectés par C. auris peut atteindre 60%.
L'espèce est devenue rapidement résistante à plusieurs médicaments et n'est pas très sensible aux désinfectants utilisés par les hôpitaux et les cliniques. Le champignon a colonisé certains professionnels de santé et a fini par infecter les patients atteints de COVID-19 sévère et d'autres patients critiques de long séjour.
COVID et superchampignon : plusieurs facteurs font des patients infectés par le SRAS-CoV-2 des cibles idéales pour C. auris, notamment chez les patients en long séjour à l'hôpital, porteurs de cathéters urinaires et veineux centraux (permettant l'invasion de la circulation sanguine), et prenant des traitements par stéroïdes et antibiotiques qui perturbent le microbiote intestinal. Le virus peut endommager la muqueuse intestinale de ces patients atteints de COVID-19 sévères, plus vulnérables à la candidémie.
Plusieurs pays signalent aujourd’hui l'émergence de super C. auris depuis la pandémie de COVID-19, ajoutent les chercheurs, qui appellent à intensifier les contrôles des infections nosocomiales et à une utilisation, toujours, rationnelle des médicaments antimicrobiens. Les auteurs rappellent notamment une étude de 2016 qui faisait déjà état de l'arrivée de ce superchampignon en Amérique du Sud, via le Venezuela puis en Colombie, au Panama et au Chili. 5 clades ou lignées de C. auris ont jusqu'à présent été décrites dans le monde. Les chercheurs mènent actuellement une étude de séquençage génétique pour voir si le gène qui confère une résistance aux médicaments à C. auris a muté au cours de la période.
Outre des mesures renforcées d'hygiène et d’asepsie, les efforts de surveillance pour détecter les agents pathogènes suspectés doivent être intensifiés, contre les virus et les bactéries, et contre les champignons aussi.
Source: Journal of Fungi June 2021 DOI : 10.3390/jof7030220 Emergence of Candida auris in Brazil in a COVID-19 Intensive Care Unit
Plus sur COVID-19
Lire aussi : COVID-19 : La variante indienne résiste au vaccin Pfizer-BioNTech
